Dall'inizio degli anni Novanta emerge invece l'interesse di grandi artisti contemporanei per l'architettura dei Mercati di Traiano, che sembra proporre una sfida tra l'antico e il moderno, e la vocazione espositiva degli ambienti si evidenzia anche con le prime esposizioni di materiali archeologici.

Nel 1992 Peter Erskine presenta nei Mercati di Traiano, per la prima volta in Italia, una complessa installazione: i raggi solari sono scomposti nei colori primitivi dello spettro e immessi negli ambienti antichi, trasformando con il gioco di luci le strutture e i materiali marmorei.
La fusione tra messaggi artistici e naturalistici è stata ripetuta con una metodologia del tutto innovativa nel corso del 2000.

Nello stesso anno, Anthony Caro, tra i maggiori artisti viventi, espone per la prima volta a Roma un'ampia retrospettiva delle sue opere più significative: il criterio espositivo porta ad esaltare il rapporto con l'architettura antica , nel tessuto continuo degli spazi interni ed esterni, creando un dialogo originale tra le opere, il monumento e la città.

Nel 1995, mentre si programmano importanti interventi di restauro, si apre la prima vera mostra archeologica, primo passo per il Museo dei Fori Imperiali.
Il titolo - I luoghi del consenso imperiale. Il Foro di Augusto. Il Foro di Traiano - sottolinea la funzione ideologica della complessa articolazione architettonica e scultorea dei Fori, attraverso alcuni degli esempi più significativi dei materiali marmorei appena restaurati e in alcuni casi ricomposti.

Dopo la riapertura del complesso in occasione del Giubileo del 2000, si ha l'esposizione personale delle opere di Richard Serra, con la quale l'artista si misura con gli spazi delle architetture antiche ridefinendoli attraverso il gioco di equilibri delle masse e dei pesi delle sue opere.

All'inizio del 2001 la grande rassegna "Novecento. Storia e Arte in Italia" ha permesso di ammirare dipinti, sculture e installazioni inserite sapientemente negli spazi antichi, e in alcuni casi interagendo con i reperti presenti nelle sale.

Sempre nel 2001 Eliseo Mattiacci ha invece affrontato la sfida del confronto con l'architettura traianea con opere appositamente concepite in rapporto con lo spazio antico, ricomponendo un unico percorso ispirato al cosmo e alla percezione dello spazio.

Nel settembre 2002 inaugura la grande esposizione "I Marmi Colorati Della Roma Imperiale".
La mostra sintetizza le varie prospettive dalle quali può essere esaminato il fenomeno della produzione e dell'uso dei marmi colorati nell'antichità.