Il nome convenzionale di "Corpo Centrale" è stato attribuito all'edificio che sorge tra la via Biberatica a valle e l'area del Giardino delle Milizie e di via della Torre a monte, con tre piani di ambienti al di sopra delle tabernae aperte sulla via Biberatica.

La facciata sulla via Biberatica, nonostante le ampie integrazioni dovute ai lavori degli anni '30 del Novecento, ben rappresenta le trasformazioni subite dal complesso traianeo in epoca post antica. Infatti alle strutture romane in laterizio, si accosta e si sovrappone una parziale ricostruzione quattrocentesca, con muratura più irregolare e l'utilizzo di materiali di risulta, che ingloba un tratto di muratura medioevale a tufelli pertinente ad una torre merlata del complesso delle Milizie, costruita a protezione di una scala di accesso.

Gli ambienti del primo piano, corrispondente al piano terra della Grande Aula, sono di forma irregolare, privi di tracce di porte antiche, e terminano con una suggestiva sala semicircolare coperta da una semicupola ribassata, originariamente isolata; segue un successivo piccolo ambiente triangolare di risulta: qui le impronte dei ritti (pali di sostegno per la cassaforma lignea in cui veniva gettato il calcestruzzo) ancora visibili sulla muratura, indicano che si trattava in origine di una fondazione.

Al secondo piano sono presenti un'ampia sala absidata e ambienti di pianta irregolare ma particolarmente curati, con nicchie alternativamente rettangolari e semicircolari aperte sulle pareti. Alcuni ambienti si dispongono intorno ad un pozzo di luce, dove cornici modanate in laterizio fanno da marcapiano.

Il terzo piano ripropone ambienti distribuiti in modo analogo, ma assai meno curati e nella parte meridionale fortemente rimaneggiati in epoca post-antica. In un piccolo ambiente si conservano sulla volta affreschi con grottesche databili al XVI secolo e probabilmente attribuibili al pittore Taddeo Zuccari.

Neppure gli ambienti dei piani superiori comunicavano in antico con l'edificio della Grande Aula, a differenza di quanto accade attualmente.
L'accesso a questo settore, del tutto autonomo, avveniva da un passaggio alle spalle della sala absidata del secondo piano, per mezzo di un portale, tuttora conservato, aperto sulla retrostante via della Torre. Da qui una scala interna permetteva di accedere al piano superiore.