Il Museo è stato immaginato come integrazione in un unico percorso di visita dei resti antichi, visibili all'aperto nelle aree archeologiche, e dei frammenti della loro decorazione architettonica e scultorea, che saranno esposti negli ambienti dei Mercati di Traiano.
L'esposizione dei materiali sarà articolata in cinque sezioni, una per ciascuno dei cinque complessi forensi (Foro di Cesare, Foro di Augusto, Tempio della Pace, Foro di Nerva e Foro di Traiano), collocate nei diversi livelli del complesso monumentale.

Gli obiettivi del Museo sono:

• ricontestualizzare i frammenti esposti e rendere comprensibili i principali nodi architettonici e decorativi degli edifici forensi;

• decodificare il "discorso" celebrativo e propagandistico costituito dall'insieme delle sculture e rilievi di ciascun complesso;

• mostrare l'importanza di questi monumenti della capitale quale modello per le piazze forensi delle città provinciali;

• illustrare l'evoluzione topografica dell'insediamento umano in questo luogo centrale della città, anche prima e dopo la fase di etàimperiale.

Il progetto museale ha dovuto conciliare le esigenze di un museo moderno, dotato di servizi tecnologici, didattici, di ricezione, di consultazione, ecc., con quelle di un monumento già di per sè storicamente e archeologicamente caratterizzato.
Si è reso necessario, in primo luogo, un intervento complessivo di manutenzione straordinaria e restauro e inoltre l'intero complesso doveva essere adeguato agli attuali standards impiantistici e di sicurezza, con l'inserimento inevitabile di elementi moderni che non interferissero tuttavia con la possibilità di percepire le architetture antiche.

Si è affrontato per esempio lo spinoso problema della chiusura della Grande Aula per garantirne la protezione dall'inquinamento acustico e atmosferico, determinato in primo luogo dal traffico che transita su via Quattro Novembre.
ll grande arcone che costituisce l'attuale accesso all'Aula non corrisponde alla situazione romana, di cui possiamo solo ipotizzare l'aspetto.
Di conseguenza è stato necessario immaginare una soluzione di chiusura che aderisse ai resti della struttura romana senza modificarla, mediante sei grandi lastre di polimetilmatacrilato dell'ultima generazione, assemblate evitando l'impiego di tradizionali telai in metallo (che avrebbero suggerito un qualche disegno). Il materiale scelto assicura i necessari requisiti di trasparenza, lunga durata, elevata resistenza ad agenti atmosferici e ad eventuali atti vandalici.